بنای بقعه یا خانقاه شیخ خلیل الله ثانی از نوادگان شاه نعمت الله ولی جزئی از مجموعه وسیعی بود كه به عنوان خانقاه شاه نعمت الله ولی ایجاد شده است. گنبد آجری برفراز بقعه مربع شكل و سنگ مرمرهای خوش تراش و ظریف در زیر گنبد با كتیبه های مختلف دارای نقشهای گل و بوته حجاری شده از آثار جالب این بقعه می باشد.