شهرستان خداآفرین یکی از شهرستان‌های استان آذربایجان شرقی است، که با وسعت 1525 كیلومتر مربع ۳.۳ درصد مساحت استان را شامل میشود واز سمت شمال با کشور جمهوری آذربایجان جمهوری آذربایجان، از سمت شرق با استان اردبیل ، از سمت غرب با شهرستان جلفا و از سمت جنوب با شهرستان‌های کلیبر و ورزقان هم‌مرز است. مرکز شهرستان، شهر خمارلو است. این شهرستان از ۳ بخش مرکزی، گرمادوز و منجوان تشکیل یافته‌است. جمعیت شهرستان در سال ۱۳۸۵ خورشیدی بالغ بر ۳۵٬۷۶۴ نفر بوده که دومین شهرستان کم‌جمعیت استان به‌شمار می‌رود. از این تعداد، ۱۰٬۰۳۴ نفر در بخش مرکزی، ۱۲٬۷۳۷ نفر در بخش گرمادوز و ۱۲٬۹۹۳ نفر در بخش منجوان ساکن بوده‌اند.
نخستین بار حمدالله مستوفی در نیمه قرن هشتم هجری به نام خدا آفرین اشاره میکند، زنگیان چند پاره ده است و اکنون داخل مردانقم، ، پل خدا آفرین بر آب ارس در آن حدود است. بکر ابن عبدالله صاحب رسول الله سالی الله علیه و سلم ساخت در سنه خمس عشر هجری. در زمان جنگ‌های ایران و روسیه بخش مهمی از مردم شهرستان زندگی عشایری داشتند. عشایر ارسباران قسمت عمده‌ای از جنگاوران قشون ایران را تامین میکردند و به همان نسبت نیز صدمات جنگ را متحمل میشدند. شهرستان خداآفرین، بعلت قرار گرفتن در خت مقدم، بشدت آسیب دید. برای نمایش بیچارگی اهالی شهرستان در اوایل قرن نوزدهم گزارشی از یک دیپلمات انگلیسی را در اینجا می‌آوریم: رابرت میگان خمارلو را چنین توصیف میکند،...روستای خمارلو، در دامنه کوههای شیبدار قرار گرفته است. منازل ساکنین در شیب کنده شده اند به نحوی که خانه‌ها فقط یک دیوار گلی دارند که در آن دریچه‌ای ۳-۴ فوت مربعی نقش پنجره را دارد و چند تکه تخته پاره شکسته بجای در نصب شده است...ساکنین فقیرترین مردمی بودند که تاکنون دیده ام. مردان و زنان کهنه‌ای به تن کرده بودند و کودکان تا هفت ساله لخت بودند. آنها تعداد کمی گوسفند و بز، و ذخیره‌ای کافی انگور داشتند که بخوبی تا زمستان نگاه داشته بودند.
طبق نوشته لغتنامه دهخدا، به نقل از جلد چهارم فرهنگ جغرفیایی ایران، در اواخر دهه بیست خداآفرین یکی از بخشهای ششگانه ٔ شهرستان تبریز بود. بخش خداآفرین از دو دهستان بشرح زیر تشکیل شده بود: دهستان کیوان شامل 40 آبادی و دارای 4969 تن سکنه و دهستان منجوان حاوی 63 آبادی و دارای 8464 تن سکنه. محل بخشداری خداآفرین در آبادی عربشاه خان و اداره ٔ مرزبانی و نماینده ٔ آمار در آبادی خمارلو قرار داشتند. بعد از آن، تا سال ۱۳۴۵ خدا آفرین یکی از بخشهای اهر ارسباران بود. با وجود استقرار پاسگاه ژاندارمری در خمارلو، مرکزیت غیر رسمی منطقه روستای عباس آباد بود چرا که هم روحانی سرشناس و سر دفتر اسناد رسمی و هم عاشق رسول قربانی آنجا ساکن بودند. کشیدن جاده شوسه در امتداد ارس و تاسیس شهرستان کلیبر درست بعد از انقلاب ٔبر اهمیت خمارلو افزود.
خداآفرین تا سال ۱۳۹۰ بخشی از شهرستان کلیبر بود و در این سال از آن جدا شد. قسمت‌هایی از دیزمار شرقی که سابقاً تابع دیزمار ارسباران بمرکزیت خاروانا بودند ضمیمه بخش منجوان شده است. مابقی دیزمار شرقی بین بخش مرکزی ورزقان و بخش سیه رود تقسیم شده است.
