مساحت شبستان حدود 16 × 25 متر و دارای چهار فیلپای بزرگ میانی است كه گنبدهای پوشاننده سقف بر روی آن‌ها استوار شده‌اند. ازاره دیوارها و فیلپاهای شبستان دارای كاشی‌كاری معرق هفت رنگ عصر قاجار است. ارتفاع ازاره از كف حدود 90 سانتی‌متر و بقیه دیوار، گچ‌كاری ساده است. در حاشیه و متن محراب نیز كاشی‌كاری همراه با خطوط نسخ و مزین به آیات قرآنی دیده می‌شود. ارتفاع گنبدهای شبستان حدود 11 متر و گنبدهای جانبی كاسه‌برگشته، 30/9 متر است. نورگیری داخل ساختمان به‌وسیله پنجره‌های بزرگ سراسری شرق شبستان تأمین می‌گردد.
وضوخانه مسجد در دو طبقه ساخته شده و هر طبقه دارای هشت ستون میانی است. از وضوخانه طبقه همكف، سه درِ بزرگ چوبی به شبستان باز می‌شود. هر دو وضوخانه دارای پوشش گنبدی هستند. ارتفاع تك‌مناره یا گل‌دسته زیبای مسجد از سطح زمین، 18 متر است. این گل‌دسته در گوشه شمال‌شرقی ساختمان مسجد واقع شده و دارای سقفی هرمی‌شكل با پوشش بیرونی از كاشی به رنگ آبی آسمانی، زرد، سیاه و سفید است. این مسجد احتمالاً به‌عنوان مدرسه علوم دینی نیز مورد استفاده بود. مسجد اكبریه، متعلّق به دوره صفویه بوده و دارای شماره ثبت ملّی 1227 سازمان میراث فرهنگی و گردشگری كشور است.
